هنالك مبادئ تحكم الإدارة المالية للصندوق العربي لحقوق الإنسان. انطلاقاً من سياسة الشفافية التي يتبعها الصندوق،  موجز لتقرير تدقيق الحسابات لعام 2008  متوفر عند الطلب، و قام مكتب مستقل بتدقيق حسابات الصندوق.

 فيما يتعلق بالوديعة، يتبع الصندوق استراتيجيات استشمار محددة المسؤولية أخلاقياً واجتماعياً وسياسياً، بحيث سيسعى الى تجنب الاستثمار في الأعمال أو الأنشطة التي تنتهك حقوق الإنسان، بما فيها صناعات التكنولوجيا العسكرية والحربية وصناعة الأسلحة والصناعات الملوّثة للبيئة.